치료 방법은 대증요법을 쓰면서 경과를 보는 법, 복강경이나 개복수술 치료법, 호르몬 치료제 등의 약물 사용법이 있습니다. 치료 효과는 비교적 좋은데 수술이나 다른 방법으로 난소와 자궁을 모두 들어내거나 난소 기능을 모두 없애는 근본적 치료 외에는 재발이 많은 것이 문제입니다.
병소의 크기, 증상, 환자의 나이, 임신 가능성의 보존 여부에 따라서 치료가 결정됩니다. 증상이 좋아지거나 없어지고 병변이 줄어들거나 없어지는 것, 그리고 임신을 원하는 사람에서는 임신되는 것이 중요한 목적입니다.
▣ 무증상 환자 우연히 심하지 않은 자궁내막증이 발견되었을 때 지금 당장은 아니지만 앞으로 임신을 해야 되는 사람이라면 병이 악화되거나 불임이 생길 가능성에 대하여 예방적 치료를 해 주는 것이 좋을 것입니다.
경증에서는 전기나 레이저 치료 등을 통하여 병소를 없애고 복합 피임약을 씁니다. 중등증에서는 앞으로 임신 여부와 관계없이 병이 악화되는 것을 예방할 목적으로 병소 제거 후 6개월간 약물 치료를 하고 그 후에 복합 피임약을 쓰는 것이 좋을 것입니다.
▣ 대증요법 젊은 여성에서 병소가 크지 않고 증상이 심하지 않으면 진통제를 쓰면서 병소나 증상의 변화를 정기적으로 봅니다. 시간이 지나면서 자연히 증상이나 병변이 줄어드는 환자도 있습니다. 치료하지 않고 6개월간 본 연구에서 30%는 병소의 크기가 줄었으며 25%는 변화가 없었고 나머지는 더 악화되었다고 하였습니다. 다른 연구에서는 1년간 보면 약 60%는 악화되고 약 30%는 좋아졌으며 나머지는 별 변화가 없다고 하였습니다.
자궁내막증이 있는 환자가 치료를 하지 않아도 병이 심하지 않은 경우 40-60%는 저절로 임신이 됩니다. 큰 자궁 내막성 물혹이 있거나 병이 심한 경우는 바로 치료를 하는 것이 더 좋을 것입니다.
자궁내막증 
자궁내막증의 치료 
치료 방법은 대증요법을 쓰면서 경과를 보는 법, 복강경이나 개복수술 치료법, 호르몬 치료제 등의 약물 사용법이 있습니다. 치료 효과는 비교적 좋은데 수술이나 다른 방법으로 난소와 자궁을 모두 들어내거나 난소 기능을 모두 없애는 근본적 치료 외에는 재발이 많은 것이 문제입니다. 