약물 치료는 자궁내막증을 일으키는 조직도 자궁 내막처럼 여성 호르몬에 반응하기 때문에 가능합니다. 그러나 조직의 분화도가 낮으면 호르몬 치료에 반응성이 떨어지며 주변 장기와의 유착이 있는 골반 장기 유착증에 대해서는 효과가 없습니다.
▣ 경구 피임약 경구 피임약을 사용하여 임신 때와 비슷한 호르몬 상황을 만들어 줌으로써 생리통, 골반통의 감소에 효과가 있습니다. 또한 생리양을 감소시킴으로써 생리혈의 역류를 감소시켜 자궁내막증의 진행을 감소시킬 수 있습니다. 하지만 이러한 경구피임약의 사용은 완치를 가능하게 하지 못하며 대개의 경우 약을 중단하면 재발합니다. 경구용 피임약에 들어 있는 에스트로겐의 영향으로 인해 치료 시작 몇주 내에는 자궁내막증의 일시적인 악화와 골반통을 경험할 수 있습니다.
▣ 프로게스테론 자궁내막 조직을 위축시킬 수 있기 때문에 자궁내막증의 치료에 우선적으로 쓰일 수 있습니다. 하지만 프로베라는 통증 감소에는 효과적이나 불임 여성에게서는 심각한 무월경, 무배란을 야기하거나 치료후에 배란유도에 많은 시간이 요구될 수 있기 때문에 불임여성에서는 사용되어서는 안됩니다. 프로게스테론의 부작용으로는 구토, 체중증가, 수분정체, 질출혈, 우울증 등이 있을 수 있습니다.
▣ 다나졸(danazol) 남성 호르몬인 테스토스테론을 변화시켜 만든 인공 합성 유도체로 먹어서 흡수가 잘 되기 때문에 쓰기 편리합니다. 여성 호르몬의 작용을 줄여 배란 억제를 하는 것이 주된 치료 작용으로 자궁 내막 조직을 퇴화시켜 효과를 나타냅니다.
그러나 여성으로서 받아들이기 어려운 피부발진, 쉰 목소리, 체중증가, 안면색조의 변화, 안면 여드름 및 기미, 간기능 장애 등의 부작용으로 인하여 최근에는 크게 쓰이지 않고 있습니다. 다나졸이 주로 간에서 대사되기 때문에 간장질환이 있는 환자에서는 사용할 수 없으며, 고혈압, 울혈성 심부전증, 신장기능의 저하가 있는 환자에서는 다나졸로 인한 체액저류현상으로 사용할 수 없습니다.
▣ 성선 자극 호르몬 억제제 최근에 많이 쓰는 약으로 뇌하수체나 그 위의 뇌 부분에 작용하여 뇌하수체에서 난소 자극 호르몬이 나오지 않도록 하여 폐경 상태를 만들어 주는 약입니다. 이 약은 난소 기능을 저하시켜 여성 호르몬을 감소시킴으로 치료 효과를 나타냅니다. 사용량에 따라 다르지만 보통 3-6주 쓰면 난포 호르몬이 폐경 상태로 줄어듭니다. 다나졸을 쓸 때 큰 문제가 되는 남성화 현상 등 부작용이 없어서 요즘에 많이 쓰이고 있습니다.
오래 동안 씀으로써 골다공증을 포함한 폐경기 증상이 문제가 되는데 얼굴이 화끈거리고 식은땀이 나며 맥박이 갑자기 빨라지고 유방이 위축되며 성교통, 부정 자궁 출혈 등이 있습니다. 이러한 부작용은 대부분 약을 끊으면 곧 정상으로 회복되는데 골다공증은 회복되지 않을 수도 있습니다. 따라서 치료 효과도 나타내고 폐경기 증상이나 골다공증도 예방이 되도록 복합 피임약을 조금 같이 쓰기도 합니다.
자궁내막증 
자궁내막증의 약물요법 
약물 치료는 자궁내막증을 일으키는 조직도 자궁 내막처럼 여성 호르몬에 반응하기 때문에 가능합니다. 그러나 조직의 분화도가 낮으면 호르몬 치료에 반응성이 떨어지며 주변 장기와의 유착이 있는 골반 장기 유착증에 대해서는 효과가 없습니다. 